Stabtelėjęs valdžios atominis traukinys suteikia puikią progą užduoti klausimų, kurie nei praeitame, nei dabartiniame AE projekte nebuvo išsamiau aptarti. Kol kas viešojoje erdvėje linkstama nagrinėti arba itin specifinius dalykus (pvz., kas statys) arba abstrakčius (pvz., kiek tai padidins šalies nepriklausomybę). Tačiau bene svarbiausias klausimas, kokį poveikį toks projektas galėtų turėti elektros energijos kainai – nėra aptariamas.
Jei nauja AE energiją gamins pigiau, nei galima nusipirkti rinkoje, tuomet – viskas gerai. Problemos gali iškilti tik dėl to, kiek tos pigios energijos bus galima nusipirkti. O tai priklauso nuo būsimos AE galingumo ir energijos kiekio pasidalinimo tarp šalių-statytojų (jei užsienio partneriai dar neprarado noro dalyvauti projekte).
Problemos iškils jei nauja AE energiją gamins brangiau, nei jos galima nusipirkti rinkoje. Tuomet brangesnę energiją iš esmės teks pirkti vietiniams vartotojams. Pavyzdžiui, energijos tiekimo įmonės gali būti priverstos nupirkti tam tikrą naujos AE pagamintos energijos kiekį už nustatytą kainą. Tuomet į „bendrą katilą“ būtų sudedama pvz., importuota, naujos AE,ir Lietuvoje pagaminta energija. Visų šių skirtingų kainų svertinis vidurkis taptų taip vadinama „gamybos kaina“. Prie jos būtų pridėti tinklų mokesčiai ir apmokėjimas už viešuosius interesus atitinkančias paslaugas. Visa ši aritmetinė suma galiausiai pasiektų vartotoją kilovatvalandės kainos pavidalu.
Aišku, yra ir kitų būdų, kaip pvz., dabar veikianti apmokėjimo už viešuosius interesus atitinkančias paslaugas sistema. 2011-ais 6 ct nuo kiekvienų 45 ct už kilovatvalandę bus skirta padengti valdžios nustatytos energijos pirkimui. Iš esmės nėra svarbu kokią sistemą naudoti, tačiau, jei yra įpareigojimas pirkti brangesnę elektros energiją, tai galutinė energijos kaina auga.
Ar verta rūpintis, kokią įtaką nauja AE turės elektros energijos kainai, jei kyla abejonių, ar AE iš vis bus pastatyta? Pagal ekonominę logiką pagrindinis tikslas yra pigiau ir patikimiau tiekiama elektros energija. Naujos AE pastatymas yra tik viena iš priemonių šiam tikslui pasiekti. Ar naujos AE pastatymas, palyginus su kitomis alternatyvomis, užtikrina geriausią kainos ir patikimumo kombinaciją – klausimas, kuris niekur nedings.
Naują AE reikia statyti iš išskaičiavimo, o ne iš įsitikinimo. Pagrindinis investuotojas – valdžia – klausimų apie atsiperkamumą ar kainą neturėtų traktuoti kaip pagalių kaišiojimo į ratus. Nepatogūs klausimai turi vieną savybę – vėl ir vėl iškilti.